Minglar sulolasidan bo‘lgan Qo‘qon xoni. Umarxon va Nodiraning o‘g‘li. Otasi Umarxon vafotidan keyin 17 yoshida taxtga o‘tirgan. Hukmronlik davrida xonlik hududini kengaytirishga uringan. Janubiy Olay tog‘ etagida tojiklar bo‘ysundirilgan. Qorategin butunlay, Darvoz, Shug‘non, Roshan, Vohonfaqat nomigagina zabt etilgan. 1829-yilda Qashqarga yurish qilgan. Uning bu harakatidan foydalangan Qashqar musulmonlari xitoylarga qarshi bosh ko‘targan. Mag‘lub bo‘lgan uyg‘urlardan 70 mingi Muhammad Alixon bilan birga qaytib, Qo‘qon xonligidagi shaharlarga (jumladan, Toshkentga) joylashtirilgan. Muhammad Alixon Qashqarga qilgan qayta-qayta hujumi natijasida Sharqiy Turkiston shaharlaridan boj yig‘ish huquqini olgan. Muhammad Alixon hukmronligi davrida sug‘orish ishlari yo‘lga qo‘yilgan. Toshkent yaqinida Xonariq qazilgan. Toshkent hokimi Lashkar qushbegi Muhammad Alixonning yaqin maslahatchisi bo‘lib qolgan. Rossiya bilan savdo va diplomatik aloqalar yaxshi yo‘lga qo‘yilgan. 1828-yilda Qo‘qondan Sankt-Peterburgga elchilar boradi va ular yaxshi kutib olinadi. 1830-yilda Qo‘qonga Rossiya elchisi xorunjiy Potanin keladi.
Muhammad Alixonning hukmronlik davrida Qo‘qon-Buxoro munosabatlari keskin yomonlashadi. Ular orasida bo‘lib o‘tgan urushlar natijasida Buxoro amiri Nasrullaxon Qo‘qon qo‘shinini tor-mor qiladi. Muhammad Alixon o‘zini noiloj amirning noibi deb e`tirof qiladi. Oradan ikki yil o‘tgach, 1841-yilning oktyabrida Qo‘qonda xon zulmiga qarshi xalq qo‘zg‘oloni ko‘tariladi. 
Muhammad Alixon ichkilikbozlik va axloqsizlikka beriladi. Buxoro–Qo‘qon o‘rtasidagi munosabatlar yomonlashuvi va tez-tez takrorlanib turadigan harbiy to‘qnashuvlar shunga olib keldiki, Muhammad Alixon 1841-yil noyabrda ukasi Sulton mahmud foydasiga taxtdan voz kechadi, shunday bo‘lsa ham 1842-yilda aprelda Buxoro amiri Nasrullaxon Qo‘qonni zabt etdi va Muhammad Alixonni, ukasi Sulton Mahmudxonni, onasi Nodirabegimni qatl ettiradi.
Muhammad Alixon g‘azallar yozgan, uning buyrig‘iga binoan, xattotlar Alisher Navoiy asarlarini miniatyuralar bilan bezatib ko‘chirgan, ko‘plab tarixiy asarlar fors va arab tillaridan o‘zbek tiliga tarjima qilingan. Muhammad Alixon davrida maktab va madrasalar qurilgan (mas. Madalixon madrasasi), Qo‘qonning eski o‘rdasi ta`mirlangan.