Buxoro xoni, ashtarxoniylar sulolasidan. Subhonqulixonning o‘g‘li. Buxoroda madrasa tahsilini olgan. Subhonqulixon vafoti arafasida valiahd qilib nevarasi Balx hokimi Muhammad Muqimxonni tayinlaydi. Biroq Buxoro ulamolari va qo‘shinning madadiga tayangan Ubaydullaxon II Buxoro taxtini egallaydi (1702-yil sentabr). Balx hokimi Muhammad Muqimxonning otalig‘i hisoblangan Mahmud qatag‘on (Mahmudbiy otaliq) Buxoroga bo‘ysunmaslikdan tashqari Qubodiyon (1703), Termiz (1704)ni ham Balxga qo‘shib olib, Balxni mustaqil deb e`lon qilgan. Beklarning saroy fitnasi natijasida Muhammad Muqimxon o‘ldirilgach (1707-yil mart), Ubaydullaxon II Balx ustiga katta qo‘shin bilan yurish qiladi va shaharni egallaydi (1707-yil 27 may).
Ubaydullaxon II murakkab sharoitda Buxoro xonligini boshqargan. Iqtisodiy tanazzul va ichki nizolardan tashqari jung‘orlar (qalmoqlar)ning harbiy bosqinlari (mas., Samarqandga hujum, qalmoqlar xurujidan qochgan qozoqlar va qoraqalpoqlarning Movarounnahr hududi (Toshkent va boshqa joylar)ga ko‘chib kelishi vaziyatni yana ham murakkablashtirgan. Ana shunday sharoitda Ubaydullaxon II davlatning iqtisodiy negizini mustahkamlashga qaratilgan choralar ko‘rgan. Avvalo u ma`muriy sohada islohotlar o‘tkazib, davlatni boshqarishga o‘rta tabaqa: hunarmandlar va savdogarlarni jalb qilgan. Ubaydullaxon II hatto markaziy hokimiyatni kuchaytirish uchun yirik yer egalarining imtiyozlarini qisqartirgan (mas., Jo‘ybor xojalari soliq to‘lashga majbur qilingan). Biroq Jo‘ybor shayxlari katta siyosiy kuch bo‘lib, Ubaydullaxon II o‘tkazayotgan siyosat uchun xatarli muxolifga aylanishgan.
Ubaydullaxon II ning siyosiy faoliyatida pul islohoti ham alohida o‘rin tutadi. Ubaydullaxon II pul islohoti o‘tkazish orqali davlat xazinasini to‘ldirishni, bebosh amirlar, beklar va urug‘ boshliqlari bilan kurashda o‘z mavqeini kuchaytirish va ayrim mahalliy hokimlarning ayirmachilik intilishlarini bartaraf qilib, markaziy hokimiyatni mustahkamlashga intildi. Biroq Ubaydullaxon II ning islohotlari badavlat tabaqalar va ayrim o‘rtahol shaharliklar tomonidan noxush kutib olindi. Ubaydullaxon II ga qarshi g‘alayonlar ko‘tarildi.
Ubaydullaxon II mamlakatda obodonchilik ishlariga e‘tibor qaratgan. U madrasa va Buxoroning g‘arbida Xonobod chorbog‘i (1709)ni barpo qilgan. Tarixchi Mir Muhammad Amin Buxoriy uning saroyida bosh munshiy bo‘lib, Ubaydullaxon II ning siyosiy faoliyati haqida «Ubaydullanoma» (1716) asarini yozgan. Muhammad Yusuf Munshiyning «Tarixi Muqimxoniy» va Abdurahmon Tolening «Tarixi Abulfayzxon» asarlarida ham Ubaydullaxon II faoliyati aks etgan.
Ubaydullaxon II saroy fitnasi natijasida Buxoroning Piri Mirza chorbog‘ida o‘ldirilgan. U Buxoro yaqinida - Bahouddin majmuasidagi Daxmai shohonda otasi Subhonqulixon qabri yonida dafn etilgan.